Quem jogou Pokémon Ruby, Sapphire ou Emerald deve se lembrar das Secret Bases. Você tinha sua Secret Base e podia a customizar, então, ao conectar o seu jogo com o de outro jogador, outras bases apareceriam e você podia batalhar com um NPC da base, que representava o dono dela.
Hoje, foi revelado no site oficial do jogo que a funcionalidade vai voltar nos remakes Pokémon Omega Ruby e Pokémon Alpha Sapphire com o nome de Super-Secret Bases, que também vão ser customizáveis. As Secret Bases ainda podem ser Ginásios Pokémon, e você pode usar vários truques através das decorações.
Você vai usar os recursos de comunicação do 3DS para isso, pois ele facilita na hora de se conectar com outros jogadores ao redor do mundo. Os donos das bases secretas podem virar seus amigos, mas você também poderá batalhar com eles. Cada Super-Secret Base tem uma bandeira, e a medida de você ganha bandeiras, você pode conseguir recompensas e aumentar as habilidades de seus Secret Pals.