Comparado com outras desenvolvedoras de jogos, a Game Freak é uma empresa relativamente pequena. Empresas como Ubisoft, Activision e EA têm um grande número de funcionários trabalhando em seus projetos. Enquanto isso, a equipe principal da Game Freak tem apenas cerca de 180 a 200 pessoas trabalhando em Pokemon Sword & Shield, próximo grande lançamento da franquia para Nintendo Switch.
Junichi Masuda, que está no Game Freak desde os primeiros dias da desenvolvedora, disse à Game Informer que trabalharia com apenas 20 funcionários, se pudesse. Ele observou que ter equipes maiores resulta em muitos cozinheiros na cozinha. Masuda prefere equipes pequenas devido à importância da comunicação, o que pode ser desafiador no desenvolvimento de jogos.
A Game Freak estabeleceu o sistema Gear Project, que permite que equipes ainda menores criem projetos fora de Pokemon. Little Town Hero, HarmoKnight, Pocket Card Jockey, e Giga Wrecker Alt surgiram dessa iniciativa. Se Masuda tivesse a chance de fazer algo no Gear Project, ele faria um atirador ao longo das linhas do R-Type.
