Confira a resposta que um usuário do site NeoGAF recebeu quando perguntou sobre o que aconteceria se eles perdessem seu 3DS e todos os seus títulos comprados na eShop contidos em seu cartão SD:
Todo o conteúdo virtual baixado no Nintendo 3DS está ligado ao próprio sistema. Como a nossa garantia não cobre perda ou roubo de games físicos e sistemas de jogos, se isso acontecer, independentemente dos seus jogos sendo virtuais ou não, eles não seriam devolvidos pela Nintendo.
Uma das vantagens de se adquirir games por download, é que se o console for roubado ou algo do tipo, teria como você refazer o download do conteúdo através de sua conta, assim como já é feito pela Sony e Microsoft. Esperamos que a Nintendo já esteja resolvendo esse problema e criando um belo canal online para nós usuários.